52
την ευπάθεια ή ανθεκτικότητά τους στο εν λόγω βακτήριο. Από τις ποικιλίες αυτές θα επιλεγούν
μία ανθεκτική και μία ευαίσθητη και θα εγκατασταθούν δενδρύλλια αυτών των ποικιλιών σε
θερμοκήπιο του ΜΦΙ προκειμένου να χρησιμοποιηθούν για την διερεύνηση της διαφορικής
έκφρασης γονιδίων τους έναντι του εν λόγω φυτοπαθογόνου βακτηρίου. Έχει πραγματοποιηθεί
πιλοτική δοκιμή δύο πρωτοκόλλων εξαγωγής RNA από φυτικούς ιστούς αχλαδιάς και
βελτιστοποίηση ενός εξ΄αυτών ώστε να παραλαμβάνεται καλής ποιότητας RNA, για περαιτέρω
μοριακή ανάλυση. Τέλος αναζητήθηκαν νέες ποικιλίες αχλαδιάς προκειμένου να αξιολογηθούν ως
προς την ανθεκτικότητά τους στο βακτήριο
Erwinia amylovora
. Δενδρύλλια αυτών των ποικιλιών
θα εγκατασταθούν στο θερμοκήπιο του ΜΦΙ προκειμένου να χρησιμοποιηθούν σε τεχνητές
μολύνσεις.
ΣΤ. Για την κατασκευή του διαγνωστικού πλακίδιου μικροσυστοιχιών που θα επιτρέπει την γρήγορη
και ευαίσθητη ανίχνευση και ταυτοποίηση φυτοπαθογόνων σε γιγαρτόκαρπα και πυρηνόκαρπα
πραγματοποιήθηκε μια πρώτη μελέτη στις βάσεις δεδομένων γονιδιακών τραπεζών όπως η NCBI
(
) με τη χρήση του αλγόριθμου BLAST και των εργαλείων Sequence
Match και Classifier αντίστοιχα και συγκέντρωση των διαθέσιμων γονιδιωμάτων και αλληλουχιών.
Στις περιπτώσεις που τα γονιδιώματα των βακτηρίων δεν είναι χαρακτηρισμένα,
πραγματοποιήθηκε συστοίχιση των αλληλουχιών με το πρόγραμμα CLC Genomics
Workbench.v3.6.5. Πραγματοποιήθηκαν προκαταρτικές φυλογενετικές αναλύσεις για επιλεγμένα
γονίδια των εκκριτικών συστημάτων ΙΙΙ και VI στα παθογόνα
Erwinia amylovora
,
Pseudomonas
syringae
pv.
syringae Pseudomonas syringae
pv.
morsprunorum, Χanthomonas arboricola
pv
pruni
με βάση προηγούμενες φυλογενετικές αναλύσεις των γονιδίων που δομούν και ρυθμίζουν τη
λειτουργία του εκκριτικού συστήματος τύπου ΙΙΙ. Η μέθοδος που χρησιμοποιήθηκε ήταν η
Neighbor-Joining, παραμέτρους Nucleotide: Maximum Composite Likelihood, Pairwise deletion
και με τη στήριξη αυτοδύναμης ανάλυσης 1000 δένδρων (μεθόδος Bootstrap) με το πρόγραμμα
MEGA 4. Ταυτόχρονα, αμιγείς καλλιέργειες/απομονώσεις από τα επιλεγμένα παθογόνα
συγκεντρώθηκαν από τη συλλογή παθογόνων του ΜΦΙ και από δειγματοληψίες που
πραγματοποιήθηκαν στα πλαίσια της προηγούμενης ενότητας εργασιών και ακολούθησε
εκχύλιση ολικού DNA.
Σ
ΥΝΤΟΝΙΣΤΗΣ
Καθ. Ν. Κατής
Δ
ΙΑΡΚΕΙΑ ΕΡΓΟΥ
24.1.2012 - 23.1.2015
Ε
ΜΠΛΕΚΟΜΕΝΟ ΠΡΟΣΩΠΙΚΟ
Δρ. Χ.Βαρβέρη, Δρ Ν. Βασιλάκος, Δρ
Ν. Σκανδάλης, Δρ Μ. Χολέβα, Ι.
Μαλανδράκη Χ. Καράφλα, Π.Ε.
Γλυνός, Σ. Δρακούλης
Σ
ΧΕΤΙΚΗ
Ε
ΝΟΤΗΤΑ
“Π
ΡΟΓΡΑΜΜΑΤΑ
”
2.1.3
2.2.2 Ταυτοποίηση στελεχών Ωομυκήτων του γένους
Phytophthora
με μοριακές
μεθόδους
Οι ωομήκητες του γένους
Phytophthora
(Kingdom: Chromalveolata) περιλαμβάνουν ένα
σημαντικό αριθμό σοβαρών παθογόνων των φυτών και μελετούνται στο Εργαστήριο Μυκητολογίας
από την εποχή ιδρύσεώς του. Μέχρι σήμερα, η συστηματική κατάταξη των στελεχών της συλλογής
βασιζόταν στους καλλιεργητικούς και μορφομετρικούς χαρακτήρες των στελεχών καθώς και στο
βαθμό παθογένειας. Προκειμένου να εφαρμοστούν ασφαλέστερα κριτήρια για τον προσδιορισμό των
ειδών, τα τελευταία χρόνια το Εργαστήριο Μυκητολογίας εφαρμόζει μοριακές μεθόδους για την
επιβεβαίωση του χαρακτηρισμού των διαφόρων στελεχών της Συλλογής. Το έτος 2013 συνεχίστηκε η
επανεξέταση των στελεχών των ωομυκήτων της συλλογής και η ταυτοποίησή τους με τη μοριακή
μέθοδο RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) (Cooke
et al
2000). Η συγκεκριμένη
