Page 102 - 2010-2011

101
Εικόνα 1. Σύνοψη της μεθόδου για διάγνωση παθογόνου με μικροσυστοιχίες από την μόλυνση του φυτού μέχρι
της υβριδοποίησης. Φυτικοί ξενιστές μολύνθηκαν με σειρά φυτοπαθογόνων βακτηρίων και μετά από εκχύλιση
ολικού γενομικού DNA βακτηρίων από μολυσμένο ιστό συγκεκριμένες περιοχές γονιδίων ενισχύθηκαν με
σημασμένουν εκκινητές και το προιόν υβριδοποιήθηκε σε πλακίδιο μικροσυστοιχιών. Διαφορετικό επίπεδο
ανάλυσης για ανίχνευση (από πάνω προς τα κάτω) A: Pseudomonas syringae pv. phaseolicola, B: Xanthomonas
campestris pv. campestris , C: Pseudomonas syringae pv. tomato and D: ταυτόχρονη ανίχνευση (καθαρές
καλλιέργειες) Erwinia amylovora (άνω βέλη) and Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum (κάτω βέλη).
ΤΜΗΜΑ Φυτοπαθολογίας
ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΟ Βακτηριολογίας
ΥΠΕΥΘΥΝΟΣ ΕΡΓΟΥ Δρ Ν.Ι. Σκανδάλης
ΣΥΜΜΕΤΕΧΟΝΤΕΣ ΦΟΡΕΙΣ: Ινστιτούτο Μοριακής Βιολογίας και
Βιοτεχνολογίας (IMBB)
ΔΙΑΡΚΕΙΑ ΕΡΓΟΥ (ΕΝΑΡΞΗ - ΛΗΞΗ) δύο (2) χρόνια (2.1.2010 - 31.12.2011)
Π ΗΓΗ ΧΡΗΜΑΤΟΔΟΤΗΣΗΣ ΜΦΙ (για εργασίες του Ινστιτούτου)
1.3.1.13 Απομόνωση και αλληλούχιση γονιδίων του εκκριτικού συστήματος VI των
φυτοπαθογόνων βακτηρίων
Βασισμένοι στην in silico ανάλυση των εκκριτικών συστημάτων φυτοπαθογόνων βακτηρίων
σχεδιάσαμε εκκινητές για την ενίσχυση με PCR του μεγαλύτερου τμήματος γονιδίων του εκκριτικού
συστημάτων τύπου VI χρησιμοποιώντας σαν εκμαγείο γενωμικό DNA που θα εκχυλίσαμε από επιλεγμένα
παθογόνα. Το κάθε τμήμα αλληλουχήθηκε και το σύνολο των αλληλουχιών αναλύθηκε φυλογενετικά με
ομόλογες αλληλουχίες που διαθέτει η ομάδα εργασίας. Οι πληροφορίες χρησιμοποιήθηκαν για τη
χαρτογράφηση (Εικόνα 1) των νησίδων παθογένειας του εκκριτικού συστημάτων τύπου VI των
παθότυπων του γένους Pseudomonas syringae στα πλαίσια ευρύτερου ερευνητικού προγράμματος.