54 ΜΦΙ
Έκθεση Εργασιών Έτους 2016
Παράρτημα Β
55
Α/Α Διάρκεια
α. Τίτλος, β. Σκοπός, γ. Εκτελεσθείσα εργασία το έτος 2016
αναφέρθηκε για πρώτη φορά το 2009 σε καλλιέργειες καρπουζιάς (Holeva
et al.,
2010).
Έκτοτε, αν και δεν υπάρχουν πολλές νέες καταγραφές προσβολών από το εν λόγω βακτή-
ριο στην Ελλάδα, ο κίνδυνος επέκτασής του σε πολλές καλλιέργειες κολοκυνθοειδών είναι
μεγάλος με βάση τη διεθνή εμπειρία (κυρίως Η.Π.Α. και Ιταλίας) και τη σχετική ανάλυση
επικινδυνότητας στο πλαίσιο του προγράμματος Prima Phacie που χρηματοδοτήθηκε από
την EFSA (Holeva
et al.
2014).
Το Πρόγραμμα ξεκίνησε τον Ιούλιο του 2016, και η εναρκτήρια συνάντηση (kick offmeeting)
των συμμετεχόντων πραγματοποιήθηκε τον Σεπτέμβριο του 2016 στην πόλη Bologna της
Ιταλίας, κατά την οποία συζητήθηκαν οι δράσεις στις τρεις Ενότητες Εργασίας (WP1, WP2,
WP3) και η εργαστηριακή προσέγγιση για την υλοποίηση των στόχων που περιλαμβάνο-
νται σε αυτές. Οι τρεις Ενότητες εργασίας αφορούσαν σε: 1) συγκριτική αξιολόγηση με-
θοδολογιών απομόνωσης και ταυτοποίησης του βακτηρίου Ac (WP1), 2) επικύρωση των
μεθόδων αυτών (WP2) και 3) Διεργαστηριακή Δοκιμή (Test Performance Study) επί των
επιλεγμένων μεθόδων (WP3). Το Εργαστήριο Βακτηριολογίας του ΜΦΙ συμμετέχει στην
τρίτη Ενότητα Εργασίας (WP3) για την εφαρμογή των επιλεγμένων μεθόδων ανίχνευσης,
απομόνωσης και ταυτοποίησης του βακτηρίου Ac σε σπόρους καρπουζιάς και πεπονιάς,
στο πλαίσιο της Διεργαστηριακής Δοκιμής. Αν και οι εργασίες του WP3 προβλέπεται να
ξεκινήσουν εντός του 2017, στο Εργαστήριο Βακτηριολογίας του ΜΦΙ έχει ξεκινήσει η διε-
ρεύνηση της φαινοτυπικής παραλλακτικότητας των ελληνικών στελεχών που διαθέτει, με
χρήση των θρεπτικών υλικών που προβλέπονται στο πρόγραμμα. Ως βακτηριακά στελέ-
χη αναφοράς χρησιμοποιήθηκαν απομονώσεις από καλλιέργειες καρπουζιάς και πεπονιάς
που προσφέρθηκαν ευγενώς από τον Dr S. Burdman (Department of Plant Pathology and
Microbiology, Faculty of Agricultural, Food and Environmental Quality Sciences, Hebrew
University of Jerusalem, προσωπική επικοινωνία). H μελέτη θα συνεχιστεί με την εφαρ-
μογή μοριακών μεθόδων για την αξιολόγηση της ευαισθησίας και εξειδίκευσής τους ως
προς την ανίχνευση των ελληνικών στελεχών του βακτηρίου, και τον γενοτυπικό χαρα-
κτηρισμό των στελεχών αυτών. Τα δεδομένα που έχουν ξεκινήσει να συγκεντρώνονται
από την εφαρμογή των μεθόδων στα ελληνικά στελέχη θα βοηθήσουν στη διαμόρφωση
του τελικού διαγνωστικού πρωτοκόλλου, ενώ η πρακτική εμπειρία που θα αποκτηθεί θα
βοηθήσει στην αποτελεσματικότερη συμμετοχή του Εργαστηρίου στην προβλεπόμενη Δι-
εργαστηριακή Δοκιμή του WP3, αυξάνοντας ταυτόχρονα την εργαστηριακή επάρκεια του
ΜΦΙ σε ένα κρίσιμο για την χώρα μας τομέα παραγωγής ευπαθών γεωργικών προϊόντων.
Το τελικό διαγνωστικό πρωτόκολλο θα υποβληθεί στον EPPO προκειμένου, βάσει των ισχυ-
ουσών διαδικασιών, να αξιοποιηθεί από ενδιαφερόμενους φορείς (Yπηρεσίες φυτοπροστα-
σίας των κρατών μελών της ΕΕ (NPPOs), ιδιώτες-φυτώρια, κ.λπ.) στην αποφυγή απωλειών
παραγωγής και τη διευκόλυνση της διακίνησης των προϊόντων από πλευράς φυτοϋγείας.
7
1 έτος
α.
Μελέτη ασθενειών οικονομικής σημασίας γεωργικών καλλιεργειών ως προς τη διάγνωση
ή/και την παραλλακτικότητα των παθογόνων βακτηρίων που τις προκαλούν, με έμφαση
σε εκείνες τις ασθένειες που προκαλούνται από τα:
Pseudomonas syringae
pv.
actinidiae
,
Pseudomonas amygdali
,
Ralstonia solanacearum
, πηκτινολητικά είδη του γένους
Erwinia
,
Pseudomonas tolaasii
και
Acidovorax avenae
subsp.
citrulli.
β.
Σκοπός της μελέτης είναι η βελτιστοποίηση των διαγνωστικών εργαλείων και ο προσδιορι-
σμός της παραλλακτικότητας των ελληνικών στελεχών για ορισμένα μεγάλης οικονομικής
σημασίας είδη φυτοπαθογόνων βακτηρίων.
γ.
Στο τμήμα αυτό αναφέρονται τα αποτελέσματα για το έτος 2016 τριών προγραμμάτων
του Εργαστηρίου Βακτηριολογίας (αναφερομένων στις Εκθέσεις Εργασιών του 2015 στα
ως άνω παθογόνα) που καλύπτουν άμεσες ανάγκες απόκτησης στοχευμένων γνώσεων σε
θέματα διάγνωσης, επιδημιολογίας και αντιμετώπισης ασθενειών από φυτοπαθογόνα βα
κτήρια με ιδιαίτερο ενδιαφέρον για την ελληνική γεωργία. Κατά το έτος 2016 συνεχίστηκε
η μελέτη στελεχών των φυτοπαθογόνων βακτηρίων
Pseudomonas syringae
pv.
actinidiae,
Pseudomonas amygdali, Clavibacter michiganensis
ssp.
michiganensis
και πηκτινολητικών ει-
δών του γένους
Erwinia
(
Pectobacterium/Dickeya
), που είτε έχουν απομονωθεί από δείγματα
ασθενών φυτών στο Εργαστήριο Βακτηριολογίας του ΜΦΙ, είτε έχουν αποκτηθεί από αντί-
στοιχα εργαστήρια και συλλογές μικροοργανισμών του Εξωτερικού. Ως προς το βακτήριο
Α/Α Διάρκεια
α. Τίτλος, β. Σκοπός, γ. Εκτελεσθείσα εργασία το έτος 2016
Pseudomonas amygdali
συνεχίστηκε για όγδοη συνεχή χρονιά η παρακολούθηση της εξέλι-
ξης των συμπτωμάτων της ασθένειας «Υπερπλαστικό έλκος της αμυγδαλιάς» σε δενδρύλ-
λια αμυγδαλιάς τεσσάρων ποικιλιών: Αλκυών, Ραπτοπούλου, Ferragnes και Lauranne εμβο-
λιασμένων σε άγριο υποκείμενο πικραμυγδαλιάς, μετά από τεχνητή μόλυνσή τους. Κατά το
έτος 2016, οι ποικιλίες Ferragnes και Ραπτοπούλου συνέχισαν να δείχνουν πιο ευπαθείς σε
σχέση με τις άλλες δύο ποικιλίες, Αλκυών και Lauranne. Από πλευράς του παθογόνου, έχουν
εντοπιστεί γονίδια που σχετίζονται με την παθογενετική ικανότητα του βακτηρίου, ενώ η
ανάλυση των αποτελεσμάτων νέας γενιάς αλληλούχησης για το βακτηριακό στελέχος που
χρησιμοποιήθηκε στις τεχνητές μολύνσεις και είναι υπό εξέλιξη, αναμένεται να συμβάλλει
στην καλύτερη κατανόηση των αλληλεπιδράσεών του με το φυτό ξενιστή (αμυγδαλιά), και
στο σχεδιασμό νέων μεθόδων καταπολέμησής του.
Παράλληλα συλλέχθηκαν νέα στελέχη
Clavibacter michiganensis
ssp.
michiganensis
και πη-
κτινολητικών ειδών του γένους
Erwinia
(
Pectobacterium/Dickeya
) από ασθενή φυτά τομά-
τας και πιπεριάς προερχόμενα από διάφορες περιοχές της Ελλάδας. Τα στελέχη αυτά ταυ-
τοποιήθηκαν, και εντάχθηκαν στον κατάλογο αντίστοιχων υπό μελέτη στελεχών ως προς
την γενετική παραλλακτικότητά τους.
Τα δεδομένα από το συνεχιζόμενο αυτό πρόγραμμα συμβάλλουν στη συνεχή αξιολόγη-
ση της αποτελεσματικότητας των εφαρμοζόμενων διαγνωστικών μεθόδων και τη συνεχή
επικαιροποίησή τους βάσει των νεότερων εξελίξεων από τη διεθνή βιβλιογραφία και δια-
γνωστική πρακτική. Κύριος στόχος της έρευνας παραμένει ο έγκαιρος και ακριβής προσ-
διορισμός των παθογενετικών αιτίων των ασθενειών, η ανάπτυξη αποτελεσματικών και
ακίνδυνων περιβαλλοντολογικώς μέτρων πρόληψης/εξάλειψης αυτών υπό τις καλλιεργη-
τικές συνθήκες της Ελλάδας, λαμβάνοντας υπόψη τον αυξημένο κίνδυνο μεταφοράς και
εξάπλωσης φυτοπαθογόνων μέσω των συναλλαγών του διεθνούς εμπορίου στο τομέα της
γεωργίας.
8
1 έτος
α
. Μελέτη ασθενειών καλλιεργούμενων φυτών οφειλόμενων σε φυτοπλάσματα, με έμφαση
στην ανίχνευση εκείνων που προσβάλουν τα μηλοειδή, τα πυρηνόκαρπα το αμπέλι και τα
εσπεριδοειδή
β.
Σκοπός της μελέτης είναι η βελτιστοποίηση των διαγνωστικών εργαλείων και ο προσδιορι-
σμός της παραλλακτικότητας των ελληνικών στελεχών για ορισμένα μεγάλης οικονομικής
σημασίας είδη φυτοπλασμάτων.
γ.
Κατά το έτος 2016, συνεχίστηκε η μελέτη για τον προσδιορισμό της γενετικής παραλλα-
κτικότητας ελληνικών στελεχών διαφόρων ειδών φυτοπλασμάτων που προσβάλλουν με-
γάλης οικονομικής σημασίας γεωργικές καλλιέργειες στη χώρα μας, και έχουν ανιχνευθεί
κυρίως σε μηλοειδή, πυρηνόκαρπα, αμπέλι και εσπεριδοειδή.
Για το σκοπό αυτό εφαρμόστηκε στο Εργαστήριο Βακτηριολογίας διαγνωστικό πρωτόκολ-
λο μοριακής ανίχνευσης και ταυτοποίησης φυτοπλασμάτων που είχε αξιολογηθεί κατά
τα προηγούμενα χρόνια στο πλαίσιο του ερευνητικού προγράμματος ΒΙΟΚΑΡΠΟΣ και της
υπόλοιπης τρέχουσας διαγνωστικής δραστηριότητας από το Εργαστήριο Βακτηριολογίας,
ως αποτελεσματικό και αξιόπιστο για τον προσδιορισμό των διαφόρων ειδών φυτοπλα-
σμάτων. Συγκεκριμένα, με την εφαρμοσθείσα μεθοδολογία ανιχνεύτηκαν και ταυτοποιή-
θηκαν με σειρά μοριακών δοκιμών τα φυτοπλάσματα: α)
Candidatus
Phytoplasma pyri σε
δείγματα αχλαδιάς ποικιλίας Williams προερχόμενα από την περιοχή του Τυρνάβου και β)
Candidatus
Phytoplasma prunorumσε δείγματα βερικοκιάς ποικιλιών Farbaly, Orange rubis,
Fardao, Primaris, προερχόμενα από περιοχές της Πιερίας, Πέλλας και Καβάλας. Τα αποκτη-
θέντα γενετικά δεδομένα σε σχέση με τη νουκλεοτιδική αλληλουχία της 16SrRNA περιοχής
που συγκεντρώθηκαν για τα ως άνω στελέχη φυτοπλασμάτων, χρησιμοποιήθηκαν για φυ-
λογενετική ανάλυση. Τα μέχρι τούδε αποτελέσματα δείχνουν μια σημαντική ομοιομορφία
μεταξύ των ελληνικών στελεχών των ως άνω ειδών φυτοπλασμάτων. Περαιτέρω μελέτη
είναι σε εξέλιξη για φυλογενετική ανάλυση βάσει περισσοτέρων του ενός γονιδίων, προ-
κειμένου να εκτιμηθεί η γενετική παραλλακτικότητα των στελεχών αυτών σε μεγαλύτερη
περιοχή του γενώματός τους, και να επιτευχθεί ακριβέστερη γενετική διαφοροποίηση και
προσδιορισμός νέων πιθανώς για την χώρα μας φυτοπλασμάτων.
