ΟΡΓΑΝΩΤΙΚΗ ΔΟΜΗ
Σύμφωνα με την Ιδρυτική του Πράξη, το ΜΦΙ (ΝΠΔΔ) διοικείται από Διοικητική Επιτροπή, η οποία είναι τριμελής (δυο μέλη της οικογενείας Εμμανουήλ Μπενάκη και ο Διευθυντής του Ινστιτούτου ως ανώτατος υπάλληλος του Υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης & Τροφίμων) ή πενταμελής (τρία μέλη της οικογενείας Ε. Μπενάκη, εκπρόσωπος του Υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης & Τροφίμων και ο Διευθυντής του Ινστιτούτου).
Η λειτουργία του Ινστιτούτου διέπεται από τον Οργανισμό του (ΦΕΚ 2628/Β/2020).
Το Ινστιτούτο διαθέτει πιστοποιητικό ΙSΟ 9001:2015 στο πεδίο διαχείρισης συγχρηματοδοτούμενων έργων χωρίς τεχνικό περιεχόμενο.