40
Στο επόμενο χρονικό διάστημα, θα διερευνηθεί η έκφραση γονιδίων που σχετίζονται με διάφορους
μηχανισμούς ανάπτυξης ανθεκτικότητας των φυτών
Α. thaliana
στις μολύνσεις του φυτοπαθογόνου
μύκητα
F. oxysporum
.
Τ
ΜΗΜΑ
Φυτοπαθολογίας
Ε
ΡΓΑΣΤΗΡΙΟ
Μυκητολογίας
Υ
ΠΕΥΘΥΝΟΣ
Ε
ΡΓΟΥ
Ε. Καλογεροπούλου
Ε
ΠΙΒΛΕΠΟΝΤΕΣ
Καθ. Ε. Παπλωματάς*, Δρ Ε. Βλουτόγλου
(*Καθηγητής στο Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών)
Δ
ΙΑΡΚΕΙΑ
Ε
ΡΓΟΥ
Τρία (3) έτη (20.1.2015 – 20.1.2018)
Κ
ΑΛΥΨΗ
Δ
ΑΠΑΝΗΣ
100% ΜΦΙ
2.3.4 Μελέτη ασθενειών καλλιεργούμενων φυτών που προκαλούνται από
Ωομύκητες με έμφαση στην ανίχνευση και ταυτοποίηση ειδών και στελεχών
του γένους
Phytophthora
Κατά το 2015, πραγματοποιήθηκε μοριακή ταυτοποίηση 31 στελεχών Ωομυκήτων του γένους
Phytophthora
που περιλαμβάνονται στην επίσημη Συλλογή μικροοργανισμών του Ινστιτούτου (BPIC), με
χρήση της τεχνικής PCR RFLP. Συγκεκριμένα επιλέχθηκαν δυο διαφορετικά στελέχη για κάθε ένα από τα
δεκαπέντε διαφορετικά είδη
Phytophthora
spp. (P.
bohmeriae
,
P. cactorum
,
P. cambivora
,
P. capsici
,
P.
cinnamomi
,
P. citricola
,
P. citrophthora
,
P. cryptogea
,
P. drechsleri
,
P. erythroseptica
,
P. megasperma
,
P.
nicotinianae
,
P. palmivora
,
P. porri
,
P. syringae
) και ένα στέλεχος
P. primulae
. Επιλέχθηκαν προς
εφαρμογή δύο μεθοδολογικές προσεγγίσεις PCR RFLP που αναφέρονται στην βάση δεδομένων
“Phytophthora database”
και σε αντίστοιχες επιστημονικές δημοσιεύσεις.
Οι δυο προσεγγίσεις PCR RFLP έχουν διαφορετικές περιοχές γενωματικού (ITS περιοχή) ή
μιτοχονδριακού (COXI – COXII) DNA ως στόχο αντίστοιχα. Η προσέγγιση για PCR-RFLP στη ζώνη COXI-
COXII του μιτοχονδριακού DNA εγκαταλείφθηκε διότι παρατηρούνται πολλαπλές ζώνες προϊόντων PCR
με διαφορετικό μέγεθος, που καθιστά τον περαιτέρω έλεγχο μέσω PCR-RFLP αδύνατο. Αντ’ αυτής έγινε
επιλογή της περιοχής ITS για χρήση της ίδιας τεχνικής. Τα αποτελέσματα της εφαρμογής της μεθόδου
έδειξαν ότι τα μεγέθη των τμημάτων της PCR RFLP (περιοριστικές ενδονουκλεάσες
Rsa
I,
Taq
I,
Msp
I) είναι
τα αναμενόμενα για όλα τα στελέχη εκτός των BPIC 1135 (17), και BPIC 1907 (25) (Εικόνα 1α & 1β). Ο
χαρακτηρισμός των 31 στελεχών θα συνεχιστεί με χρήση DNA sequencing. Η τεχνική της ITS PCR RFLP
θα εφαρμοστεί για τον χαρακτηρισμό των υπολοίπων 122 απομονώσεων του γένους
Phytophthora
της
συλλογής BPIC, με χρήση DNA sequencing κατά περίπτωση.
Εικόνα 1:
Ηλεκτροφόρηση ενζυματικών πέψεων
Rsa
I σε amplicon από DNA στελεχών
Phytophthora
spp. L: DNA
ladder, Οι αριθμοί αντιστοιχούν στα στελέχη Ωομυκήτων του γένους
Phytophthora
που περιλαμβάνονται στην
επίσημη Συλλογή Μικροοργανισμών του Ινστιτούτου (BPIC).
Phytophthora
spp.
ITS –
Rsa
I RFLP
L 7 8 21 22 23 24 25 26 L 27 28 29 30 31 9 L
β
Phytophthora
spp.
ITS-
Rsa
I RFLP
L 1 2 3 4 5 6 11 12 L 13 14 15 16 17 18 19 20 L
L
α
