46
πλαίσια της διπλωματικής εργασίας του προγράμματος
προπτυχιακών σπουδών του Τμήματος Βιολογίας του
Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών)
Δ
ΙΑΡΚΕΙΑ
Ε
ΡΓΟΥ
2.1.2013 - 31.12.2015
Κ
ΑΛΥΨΗ
Δ
ΑΠΑΝΗΣ
100% ΜΦΙ
2.3.11 Εφαρμογή της αλληλούχησης νέας γενιάς (NGS) για τη μελέτη και διάγνωση
ιολογικών ασθενειών στη γεωργία (COST Action number FA1407)
Στα πλαίσια του προγράμματος έγινε λεπτομερής ανασκόπιση και καταγραφή των μεθόδων που
χρησιμοποιούνται για τη μελέτη και διάγνωση ιώσεων των φυτών με τη νέα τεχνολογία της αλληλούχησης
νέας γενιάς (NGS). Οι μέθοδοι αφορούν σε διαφορετικές προετοιμασίες των δειγμάτων και την παραγωγή
διαφορετικών εκμαγείων που θα χρησιμοποιηθούν από τις πλατφόρμες αλληλούχησης, τις διαφορετικές
τεχνολογίες αλληλούχησης και τα διάφορα λογισμικά ανάλυσης των αποτελεσμάτων. Συζητήθηκαν επίσης
οι διάφορες μέθοδοι που θα πρέπει να ακολουθούνται για την εξακρίβωση της βιολογικής σημασίας των
αποτελεσμάτων της NGS και για το πώς η τεχνολογία αυτή επηρεάζει την ταξινόμηση των ιών. Οι
διαμορφωθείσες απόψεις θα δημοσιευθούν σε περιοδικά ανοικτής πρόσβασης.
Σ
ΥΝΤΟΝΙΣΤΗΣ
Dr Sebastien Massart
Δ
ΙΑΡΚΕΙΑ
Ε
ΡΓΟΥ
τέσσερα (4) χρόνια (2015 - 2019)
Ε
ΜΠΛΕΚΟΜΕΝΟ
Π
ΡΟΣΩΠΙΚΟ
Δρ Χ. Βαρβέρη, Δρ Ν. Βασιλάκος
Σ
ΧΕΤΙΚΗ
Ε
ΝΟΤΗΤΑ
“Π
ΡΟΓΡΑΜΜΑΤΑ
”
1.2.3
2.3.12 Αντιμετώπιση της ιολογικής ασθένειας της ευλογιάς (σάρκα) στην καλλιέργεια
βερικοκιάς στην Πελοπόννησο
Πραγματοποιήθηκε επισκόπηση σε φυτώρια βερικοκιάς των νομών Κορινθίας και Αργολίδας με
σκοπό να εκτιμηθεί η κατάσταση της φυτοϋγείας των φυτών σε σχέση με τον ιό της ευλογιάς της
δαμασκηνιάς (
Plum pox virus,
PPV), παθογόνο αίτιο της ασθένειας. Από όλα τα φυτώρια έγινε τυχαία
συλλογή δειγμάτων βλαστών και φύλλων σε ποσοστό τουλάχιστον 1% επί του αριθμού των φυτών
ανά ποικιλία/υποκείμενο. Έγινε εργαστηριακός έλεγχος για τον ιό της ευλογιάς της δαμασκηνιάς με τη
μέθοδο ELISA σε 974 δείγματα πολλαπλασιαστικού υλικού βερικοκιάς (κυρίως) που ελήφθησαν από
έξι φυτώρια της Αργολίδας και Κορινθίας. Η πλειοψηφία των δειγμάτων δεν έφερε συμπτώματα της
ασθένειας και δεν διαπιστώθηκε σε αυτά η παρουσία του ιού. Στα ύποπτα δείγματα όμως (1 βερικοκιά
και 6 ροδακινιές) καθώς και στα συμπτωματικά δείγματα (7 βερικοκιές) ανιχνεύθηκε ο ιός.
Στα φυτώρια όπου μακροσκοπικά παρατηρήθηκαν συμπτωματικά φυτά, αυτά ανήκαν στις
γνωστές ευπαθείς στον ιό ποικιλίες Μπεμπέκου, Διαμαντοπούλου και Πρώιμο Τίρυνθας. Βρέθηκε
όμως θετικό δενδρύλλιο της ποικιλίας Νόστος που ανήκει στις ανεκτικές ποικιλίες, γεγονός που
δηλώνει την αναγκαιότητα των ελέγχων ανεξαρτήτως ποικιλιών.
Όλα τα φυτώρια στα οποία πραγματοποιήθηκε επίσκεψη ήταν υπαίθρια. Αυτό αποτελεί
σημαντικό παράγοντα κινδύνου μόλυνσης των δενδρυλλίων με τον ιό της ευλογιάς της δαμασκηνιάς,
καθώς πρόκειται για αφιδομεταδιδόμενο ιό. Το μεγαλύτερο όμως παράγοντα επικινδυνότητας για τη
μετάδοση του ιού στα δενδρύλλια που παράγουν τα φυτώρια, είναι η χρήση εμβολίων από μολυσμένα
μητρικά φυτά. Καθώς σε κανένα φυτώριο (πλην ενός) δεν μας υπεδείχθησαν μητρικά φυτά,
πιθανολογείται ότι πρόκειται για φυτά βερικοκιάς από υπαίθριες παραγωγικές καλλιέργειες, με ό,τι
συνεπάγεται αυτό για τη φυτοϋγεία των εμβολίων. Επιπλέον, οι περισσότεροι παραγωγοί
προμηθεύονται φυτά από τη Βόρεια Ελλάδα όπου η ασθένεια είναι ιδιαιτέρως διαδεδομένη.
Παρόλ’ αυτά η γενικότερη κατάσταση της φυτοϋγείας των δενδρυλλίων βερικοκιάς που ανήκουν στις
ανεκτικές ποικιλίες κρίνεται γενικά ως ικανοποιητική. Εκτός από την αναγκαιότητα εντομοστεγούς κάλυψης
