Το εργαστήριο διεξάγει έρευνα που αφορά στις ασθένειες που προκαλούνται από φυτοπαθογόνους ιούς με σκοπό την αποτελεσματικότερη αντιμετώπισή τους. Αυτή επιτυγχάνεται αφενός μεν μέσω της έγκαιρης διάγνωσης, αφετέρου δε μέσω της ανάπτυξης και εφαρμογής στρατηγικών πρόληψης που βασίζονται στην ακριβή γνώση των βιολογικών και μοριακών χαρακτηριστικών των ιών που τις προκαλούν. Πέραν των ερευνητικών εργασιών που εκτελεί το Εργαστήριο υλοποιώντας εθνικά και διεθνή προγράμματα, αυτό συμμετέχει σε όλες τις παρεχόμενες από το Ινστιτούτο υπηρεσίες που αφορούν στο αντικείμενό του και προκύπτουν από πάγιες ή μη υποχρεώσεις (διάγνωση ιώσεων σε ασθενή φυτά, φυτοϋγειονομικός έλεγχος ιών, επισκοπήσεις ιών καραντίνας). Επιπλέον διενεργεί εργαστηριακές αναλύσεις για την ανίχνευση ιών υλοποιώντας συμβάσεις με τον ιδιωτικό τομέα.